La autoridad máxima de COIRCO es el Consejo de Gobierno, integrado por los cinco gobernadores de las provincias que lo integran y el Ministro del Interior de la Nación.
El Ministro ejerce la presidencia del Consejo de Gobierno, mientras que la vicepresidencia es ocupada rotativamente por las provincias.
A nivel administrativo, COIRCO cuenta con un Comité Ejecutivo integrado por un representante de cada provincia y uno de la nación, designados por cada uno de los poderes ejecutivos.
La presidencia de COIRCO es ejercida por el representante de la Nación, quien tiene a su cargo la representación legal del organismo.
Actualmente, el Comité Ejecutivo está integrado por:
A nivel operativo, COIRCO está conformado por las Gerencias Técnica y Administrativa, con sus respectivos equipos de trabajo.
A través de un convenio con la Secretaría de Energía de la Nación, funciona en la órbita de COIRCO la Comisión Técnica Fiscalizadora, cuya función es el control de la actividad hidrocarburífera en la cuenca.